علی رغم ویژگیهای مهم پژوهش کیفی در مقام مقایسه با پژوهش های کمی، این شیوه با انتقادات و چالشهایی رو به رو است. بیشتر این انتقادات از سوی طرفداران اثبات گرایی است(بورمن و پرسیل گوئز،1986) که حضور استراتژی غالب کیفی را در صدر تحقیقات اجتماعی برنمی تابند. با این وجود این انتقادات را می توان چالشهایی برشمرد که پژوهشگر بایستی در انجام پژوهش به آنها توجه کند تا بهترین نتیجه ممکن را در پاسخ به سوال پژوهشی به دست آورد.
برایمن(2008:391)،چهار انتقاد عمومی را از پژوهش کیفی بیان می کند که عبارتند از:
پژوهش کیفی بیش از حد ذهنی است
به دلیل انعطاف پذیری بالا و وجود نگاه غیرسیستمی و ذهنی در تعیین اهمیت و تمرکز فرایندهای پژوهش(که به نوع نگاه نسبتا شخصی پژوهشگر و افراد مورد مطالعه بستگی دارد) استفاده کننده از پژوهش، سرنخ های اندکی در آگاهی از علت تمایز حوزه های انتخاب شده توسط پژوهشگر کیفی در پاسخ به سوال پژوهش خواهد داشت.
دشواری تکرارپذیری
غیرساختارمند بودن پژوهش کیفی، تکیه فراوان بر ویژگی های فردی و ترجیحات پژوهشگر و تاثیرگذاری آن بر انتخاب حوزه های مورد تاکید،پاسخ افراد مورد مطالعه و تاثیر ذهنی تفسیر داده ها، تکرار پذیری پژوهش را اگر نگوییم غیرممکن، دشوار خواهد ساخت.
مشکلات تعمیم پذیری
حوزه یافته های پژوهش کیفی محدود است و نمی توان آن را به تمام اعضای جامعه تسری داد. برخی بر این باورند که یافته های پژوهش کیفی قابلیت تعمیم پذیری در قالب یک نظریه را دارند و نه تعمیم به همه اعای جامعه مورد بحث. برخی نیز اعتقاد دارند که پژوهشگر کیفی به دنبال تعمیم نسبی است که در آن ابعاد تمرکز پژوهش به عنوان مثاال های مجموعه گسترده تری از ویيگی های قابل شناخت در نطر گرفته می شود.
فقدان شفافیت
فقدان شفافیت و عدم وضوح فرایند انتخاب نمونه ها، گردآوری و تجزیه و تحلیل داده ها در مسیر رسیدن به نتایج از جمله چالشهایی است که پژوهشگر کیفی بایستی به آنها توجه کافی داشته باشد.