احتمالا هنگام نوشتن مقاله یا پایان نامه با مشکلاتی که درزیر به آنها اشاره شده است برخورد کرده اید:
-در حین نوشتن یک مقاله یا یک متن علمی لازم می شود مرجع یا مراجعی، اضافه، حذف و ویرایش شوند. پس از انجام این کار، لازم است در شماره گذاری بقیه ی مراجع موجود در فهرست مراجع و استناددهی های داخل متن مرتبط با آنها یک سری اصلاحات اساسی انجام شود. انجام این اصلاحات نیازمند صرف وقت و دقت زیادی می باشد.
-آشنایی با انواع شیوه های استناد و رعایت قواعد این شیوه ها در دست نوشته ها و ایجاد فهرست مراجع با ساختار صحیح و مطابق با استانداردهای سبک مرجع دهی، اسان نیست و به زمان و انرژی زیادی نیاز دارد.
-برای فرستادن متن تهیه شده به انتشارات دیگری که سبک مرجع دهی متفاوتی دارد، نیاز به تغییر ساختار همه ی مراجع می باشد، که در صورت استفاده از روش دستی، کاری بسیار وقت گیر و احتمالا همراه با خطا می باشد.
-پیدا کردن فایل یک مقاله خاص از میان صدها فایل بدون نام.
به همین دلیل اندیشه طراحی و تولید نرم افزارهایی با قابلیت مدیریت استنادها شکل گرفته و اجرا شده است. برنامه های نرم افزاری مدیریت منابع تحقیق اولین بار در سال ۱۹۸۰ معرفی شدند. امروزه برای تسهیل مدیریت منابع تحقیق، یک سری برنامه های نرم افزاری مدیریت منابع تحقیق وجود دارند که امکان ایجاد کتابخانه های دیجیتال شخصی را برای کاربر فراهم می کنند. از انواع نرم افزارهای رایج مدیریت منابع تحقیق می توان به نرم افزارهای EndNote،Reference Manager،Citavi،Mendeley،Zotero،Refworks، ProCite و پژوهیار اشاره کرد.
پژوهیار اولین نرم افزار رایگان مدیریت استناددهی متن باز فارسی زبان است که بر پایه ی نرم افزار Zotero طراحی شده است. نرم افزار پژوهیار توسط مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم انسانی(نور) طراحی و بومی سازی شده است. این نرم افزار سه زبان فارسی، عربی و انگلیسی را پشتیبانی می کند. پژوهیار دارای قابلیت های زیادی از جمله: ذخیره و طبقه بندی اطلاعات، یادداشت گذاری، برچسب گذاری، جستجوی اطلاعات ذخیره شده و … می باشد.
برنامه ی Reference Manager مانند برنامه EndNote در شرکت تامسون و در موسسه ی اطلاعات علمی تولید و عرضه شده است. یک برنامه مدیریت منابع تحقیق توانا بوده و برای استفاده ی همزمان تمامی کاربران یک شبکه رایانه ای مورد استفاده قرار می گیرد. همچنین شرکت تامسون محصولی را با امکانات محدودتر نسبت به EndNote، تحت عنوان EndNote Web عرضه کرده است که از طریق اتصال به اینترنت، بدون هزینه در دسترس عموم قرار می گیرد.